Khai báo hải quan điện tử: Quy Trình & Thủ Tục 2025

Hải quan điện tử là như nào? Các quy trình khai báo? Ở bài viết này chúng ta sẽ cùng tìm hiểu về các thủ tục khi khai báo hải quan qua phần mềm.
“Khai báo hải quan điện tử là một trong những việc làm mà doanh nghiệp cần thực hiện khi khai báo hải quan thông quan bằng phần mềm kê khai điện tử. Dữ liệu tờ khai hải quan được gửi tới cơ quan hải quan thông qua internet. Tiếp nhận, xử lý thông tin khai báo hải quan, quyết định đưa ra cấp số, trả kết quả,… tất cả đều được thực hiện thông qua phần mềm kê khai hải quan.”

Khai báo hải quan điện tử mang lại lợi ích gì?

Để thuận tiện cho những doanh nghiệp xuất nhập khấu. Nhà nước đã áp dụng công nghệ cho việc khai báo hải quan. Và lợi ích của nó mang lại cho công ty logistics như:

• Doanh nghiệp không cần phải đến cơ quan hải quan để làm tờ khai. Và khai báo hải quan với bất kỳ lúc nào thay cho việc chỉ có thể khai trong giờ hành chính.
• Khi doanh nghiệp sử dụng khai hải quan điện tử sẽ thuận tiện hơn khi làm việc với các doanh nghiệp nước ngoài.
• Với những lô hàng thuộc diện miễn kiểm tra hồ sơ giấy tờ và miễn kiểm tra hàng hóa thực tế sẽ được thông quan luôn.
• Doanh nghiệp được sử dụng tờ khai hải quan từ hệ thống của mỗi doanh nghiệp.
• Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan thông quan điện tử, sẽ được hải quan hỗ trợ đào tạo. Và được cung cấp các phần mềm khai báo hải quan điện tử.
• Doanh nghiệp được lựa chọn với từng hình thức nộp lệ phí theo từng tháng của tờ khai. Thay vì chỉ có thể nộp tờ khai như thủ tục khai báo hải quan truyền thống.

Xem thêm: Cách tra cứu thông tin tờ khai hải quan nhanh chóng

Quy trình khai báo hải quan điện tử

Doanh nghiệp xuất nhập khẩu khi khai thông tin hải quan qua phần mềm điện tử sẽ theo những quy trình sau đây.

Khai thông tin nhập khẩu hải quan điện tử

Doanh nghiệp sử dụng nghiệp vị IDA để khai thông tin nhập khẩu. Khi đã khai đầy đủ các chỉ tiêu trên màn hình IDA (133 chỉ tiêu). Người khai hải quan gửi đến hệ thống VNACCS. Hệ thống sẽ tự động cấp số, tự động xuất ra các chỉ tiêu liên quan đến thuế suất, tên tương ứng với các mã nhập vào. Tự động tính toán các chỉ tiêu liên quan đến trị giá, thuế. Và phản hồi lại cho người khai hải quan tại màn hình đăng ký tờ khai – IDC. Khi hệ thống cấp số thì bản khai thông tin nhập khẩu IDA được lưu trên hệ thống VNACCS.

Đăng ký tờ khai nhập khẩu hải quan điện tử

Sau khi khai thông tin nhập khẩu trên hệ thống điện tử, sẽ được gửi lại đăng ký tờ khai thường được gọi là IDC. Người khai hải quan kiểm tra lại thông tin trên tờ khai. Nếu khẳng định các thông tin là chính xác thì gửi đến hệ thống để đăng ký tờ khai.
Trường hợp sau khi kiểm tra, người khai hải quan phát hiện thông tin khai báo bị sai xót. Doanh nghiệp cần sửa đổi thì phải sử dụng nghiệp vụ IDB gọi lại màn hình khai thông tin nhập khẩu (IDA). Để sửa các thông tin cần thiết và thực hiện các công việc như đã hướng dẫn ở trên.

Kiểm tra điều kiện đăng ký tờ khai

Doanh nghiệp đăng ký xong tờ khai báo nhập khẩu, trên hệ thống sẽ kiểm tra tự động. Trong trường hợp doanh nghiệp có nợ thuế quá hạn 90 ngày. Đang tạm dừng hoạt động, giải thể, phá sản thì không được chấp nhận tờ khai. Hệ thống điện tử sẽ gửi phản hồi lại.

Phân luồng kiểm tra

Hệ thống khai báo hải quan thông qua điện tử sẽ có cơ chế kiểm tra phân luồng như sau:

• Đối với các tờ khai luồng xanh

1. Trường hợp số thuế phải nộp bằng 0. Hệ thống tự động cấp phép thông quan (trong thời gian dự kiến 03 giây) và xuất ra cho người khai. “Quyết định thông quan hàng hóa nhập khẩu”.
2. Trường hợp số thuế phải nộp khác 0.
3. Trường hợp đã khai báo nộp thuế bằng hạn mức hoặc thực hiện bảo lãnh (chung, riêng). Hệ thống tự động kiểm tra các chỉ tiêu khai báo liên quan đến hạn mức, bảo lãnh. Nếu số tiền hạn mức hoặc bảo lãnh lớn hơn hoặc bằng số thuế phải nộp. Hệ thống sẽ xuất ra cho người khai “chứng từ ghi số thuế phải thu” và “Quyết định thông quan hàng hóa nhập khẩu”. Nếu số tiền hạn mức hoặc bảo lãnh nhỏ hơn số thuế phải nộp, hệ thống sẽ báo lỗi.
4. Trường hợp khai báo nộp thuế ngay (chuyển khoản, nộp tiền mặt tại cơ quan hải quan….). Hệ thống xuất ra cho người khai “Chứng từ ghi số thuế phải thu”. Khi người khai hải quan đã thực hiện nộp thuế, phí, lệ phí. Hệ thống VNACCS đã nhận thông tin về việc nộp thuế, phí, lệ phí thì hệ thống xuất ra “Quyết định thông quan hàng hóa”.
5. Cuối ngày hệ thống VNACCS tập hợp toàn bộ tờ khai luồng xanh đã được thông quan chuyển sang hệ thống VCIS.

• Đối với các tờ khai luồng vàng, đỏ

Với người khai hải quan:

• • Nhận phản hồi của hệ thống về kết quả phân luồng, địa điểm, hình thức, mức độ kiểm tra thực tế hàng hoá.
  • Nộp hồ sơ giấy để cơ quan hải quan kiểm tra chi tiết hồ sơ; chuẩn bị các điều kiện để kiểm thực tế hàng hoá.
  • Thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế, phí, lệ phí (nếu có).

Với hệ thống

• • Xuất ra cho người khai “Tờ khai hải quan”. (có nêu rõ kết quả phân luồng tại chỉ tiêu: Mã phân loại kiểm tra)
  • Xuất ra Thông báo yêu cầu kiểm tra thực tế hàng hóa đối với hàng hóa được phân vào luồng đỏ. Hoặc khi cơ quan hải quan sử dụng nghiệp vụ CKO để chuyển luồng.

Khai sửa đổi bổ sung

Trong trường hợp doanh nghiệp cần khai bổ sung thông quan từ sau khi đăng ký tờ khai đến trước khi thông quan hàng hoá.

• Để thực hiện khai bổ sung trong thông quan. Người khai hải quan sử dụng nghiệp vụ IDD gọi ra màn hình khai thông tin sửa đổi bổ sung. Trong trường hợp khai sửa đổi, bổ sung lần đầu. Khai nhập khẩu sửa đổi cập nhật nhất (IDA01) trong trường hợp khai sửa đổi, bổ sung từ lần thứ 2 trở đi.
• Khi đã khai báo xong tại nghiệp vụ IDA01, người khai hải quan gửi đến hệ thống VNACCS. Hệ thống sẽ cấp số cho tờ khai sửa đổi và phản hồi lại các thông tin tờ khai sửa đổi tại màn hình IDE.
• Số tờ khai sửa đổi là kí tự cuối cùng của ô số tờ khai. Số lần khai báo sửa đổi, bổ sung trong thông quan tối đa là 9 lần tương ứng với ký tự cuối cùng của số tờ khai từ 1 đến 9. Trường hợp không khai bổ sung trong thông quan thì ký tự cuối cùng của số tờ khai là 0.
• Khi người khai hải quan khai sửa đổi, bổ sung tờ khai. Thì tờ khai sửa đổi, bổ sung chỉ có thể được phân luồng vàng hoặc luồng đỏ (không phân luồng xanh).
• Các chỉ tiêu trên màn hình khai sửa đổi, bổ sung (IDA01) giống các chỉ tiêu trên màn hình khai thông tin nhập khẩu (IDA). Khác nhau là một số chỉ tiêu không nhập được tại IDA01 do không được sửa đổi hoặc không thuộc đối tượng sửa đổi.

Xem thêm: Quy trình khai báo hải quan

Những điểm cần lưu ý khi khai báo Hải quan

• Mỗi tờ khai hải quan điện tử được khai tối đa 50 mặt hàng. Trường hợp một lô hàng có trên 50 mặt hàng, người khai hải quan sẽ phải thực hiện khai báo trên nhiều tờ khai. Các tờ khai của cùng một lô hàng được liên kết với nhau dựa trên số nhánh của tờ khai.
• Trị giá tính thuế.
• Tỷ giá tính thuế.
• Thuế suất.
• Trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn/giảm/không chịu thuế.
• Trường hợp hàng hóa chịu thuế giá trị gia tăng.
• Trường hợp doanh nghiệp không đủ điều kiện đăng ký tờ khai (do có nợ quá hạn quá 90 ngày hoặc Doanh nghiệp giải thể, phá sản, tạm ngừng kinh doanh,…).
• Trường hợp đăng ký bảo lãnh riêng trước khi cấp số tờ khai (bảo lãnh theo số vận đơn/hóa đơn).
• Trường hợp cùng một mặt hàng nhưng các sắc thuế có thời hạn nộp thuế khác nhau.

Tổng kết

Với nền kinh tế hàng hóa ngày càng trở nên đa dạng, xuất nhập khẩu đã trở thành ngành đóng góp vai trò quan trọng tạo ra nguồn thu lớn của đất nước. Nhà nước cũng bắt đầu quy chuẩn hóa giúp cho mọi thủ tục hải quan trở nên dễ dàng nhất. Khai báo hải quan điện tử không những giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian. Đồng thời giúp cơ quan hải quan quản lý tốt công việc xuất nhập khẩu.